Godhavns fem boafdelinger rummer muligheder for fleksibel indretning herunder særlige projekt og botræningsmuligheder. Fire af behandlingsafdelinger har plads til 8 børn og unge. På Bakken og Åsen bor der hovedsageligt unge i alderen 14 til 20 år. På Sletten bor der børn og unge der ved indskrivningstidspunktet er mellem 12 og 15 år og på Toften bor der børn fra 9 til 14 år. Afdelingen Strandleddet har plads til 4 børn og unge i alderen 9 til 20 år. Godhavns familie- og projektafdelingshus rummer plads til 4-8 beboere/forløb af både ambulant og døgnmæssig karakter.

Godhavn har eget velindrettet motionsrum, stor gymnastiksal, stort udendørs boldspilsbur, motocrossteam samt udendørs fodboldbaner. Til Godhavn hører endvidere et sommerhus og en hytte i Sverige.

Gradvis botræning via lejligheder er muligt på Godhavns område, mens de unge er tilknyttet en boafdeling, er i et efterbehandlingsforløb, i et observations- og udredningsforløb eller i Netværket.